“Pseudo” kelimesi sahte, yalancı anlamına gelir. “Sahte gen” de denebilir ama ben “sözde gen”i tercih ediyorum. İlk bakıldığında bir gen gibi gözükürler ama içerdikleri hatalı dizilim nedeniyle protein üretemezler.

Douglas Futuyma’nın Evolution‘ının Türkçe çevirisi olan Evrim‘de “sözdegen” olarak geçiyor bu kavram.

Belki tam karşılığı değil ama Türkçe’ye bu şekilde geçmiş gibi gözüküyor bu kavram.

pseudogene kelimesini “sözde gen” olarak tercüme ettiğinizi görüyorum. Bu durumda sözde ermeni soykırımı gibi bir anlam çıkıyor. Yani genler sözde varmış gibi.

Wikipedia’daki tanımına bakınca, junk genler gibi bir anlam çıkıyor.

Pseudogenes are defunct relatives of known genes that have lost their protein-coding ability or are otherwise no longer expressed in the cell.

Saygılar…

Kullandığını söylediğin mantıkla ilgili sana bir yazı buldum: Abductive Design Arguments

Sakin kafayla bir gözatmanı tavsiye ederim. Bayes teoremini kullanarak tasarımın daha olası bir açıklama olduğunu göstermeye çalışabilirsin örneğin. Evrendeki “İnce Ayar” Üzerine Düşünceler başlıklı yazının yorum kısmında Bayes teoremine değinmiş ve üzerinde tartışmıştık biraz. Oraya da gözatmak isteyebilirsin.

İleriye dönük optimizasyon da nerden çıktı? Homolojinin rastgele mutasyonlar ve bilincin dahil olmadığı süreçler için ne kadar kuvvetli bir gösterge olduğunu idrak edememiş gibi gözüküyorsun Mustafa. Eğer DHA ile glukoz çok benzer yapıda olmasaydı ve glukoz taşıyıcısı her nasılsa etkin bir DHA taşıyıcısına dönüşüyor olsaydı bu işte bir gariplik olurdu. Örneğin böyle bir durum önden yükleme argümanını daha fazla desteklerdi. Glukoz taşıyıcısının DHA taşıyıcısına bilincin hiçbir aşamada dahil edilmediği bir süreçte dönüşmesi makul bir açıklama olmazdı ve bu durum DHA’yla ilgili bilginin önceden gerekli yerlere yüklenmiş olduğu ve gerektiğinde kullanıldığı türünden bir argümanı naturalist evrim görüşüne göre çok daha fazla desteklerdi. Mevcut durum ise naturalist evrimi, önden yüklemeli evrime göre daha fazla desteklemektedir.

Görüşlerimi daha net nasıl anlatabilirim bilmiyorum Mustafa.

Bu arada sana evrim görüşünle ilgili birşey sormak istiyorum. Önemli bir nokta olduğunu düşündüğüm için soruyorum. Rastgele mutasyon kavramı hakkında ne düşünüyorsun? Önden yüklemeli evrim görüşünde bildiğim kadarıyla evrim sürecine tasarımcının direk müdahelesi olmuyor. Yani tasarım sürecinden sonra evrim kendi başına, dış müdahele olmaksızın, doğal bir şekilde işliyor. Sen de bu görüşe katılıyor musun? Yoksa bilinçli direk müdahelelerin olduğunu mu savunuyorsun?

Sanırım daha fazla tartışarakta varılabilecek bir nokta kalmadı…

Mustafa: argüman vurgun; ”çok büyük yapısal benzerlikte olmaları..” bende homolojinin yaratılışcılık için bir handikap fakat tam tersine önden yüklemi evrim için ise bir zorunluluk hatta onu açıkça destekleyen bir çıktı olduğunu söylüyorum.(Hala yaratılışcı gibi davranılıyor bana çok ilginç!)

Önden yüklemeli evrim hipotezi, evrimin zihinde önceden tasarlandığını ima eder. Örneğin, tasarım hedefleri sadece evrimi hesaba katmakla kalmaz, bu tasarım hedeflerini gerçekleştirmek için evrimi tasarım amacını gerçekleştirmeye yönelik bir ortak olarak işletir ve kullanır. Bu geleceği bugün yoluyla tasarlama girişimi, evrimden en azından üç şey beklememizi gerektirir;

1. Evrim büyük bir benzeşim (homoloji) sergileyecekti. Bunun nedeni homoloji bizlere tasarımı geçmişten bugüne bağlamaya izin verir. Bu eski tasarımlar oldukça uzun zamandır vardılar ve evrim bunların çevresinde şekillendi.

2. Evrim PREPA (the present explains the past) yani bugünün geçmişi açıklamasını ortaya koyacaktı. PREPA eski atalarımızın alışılmadık ya da tuhaf özelliklerinin bugünün içeriğinden bakıldığında daha anlamlı hale gelmesini sağlayan öngörü ipuçlarıdır. PREPA’yı potansiyel olarak somutlaştıran ve sonuç veren genel kavram. Gereksiz Karmaşıklıktır.
3. Evrim belirgin bir şekilde gerçek biyotik özelliklerce yürütülecekti. Mademki tasarımın kendisi biyotik olacaktı, öyleyse evrimde biyolojik bir sürece benzeyecekti, böylece tasarım bu tip bir evrimle daha çok ilişkilendirilebilecekti. Bir başka deyişle, eğer evrim tamamen çevredeki yıkıcı süreçlerin zeminine karşı daha büyük uyum sağlıyor diye oluşmakta olan rastlantısal olayların bir işlevi olsaydı, geleceği bugünden tasarlama kabiliyetini evrimsel kirlilik tarafından süratle önlenecekti. Fakat evrim için güçlü ve temel bir birleşen varsa, tasarımlar bu evrimsel kirliliğe (noise) karşı korunur.

Yukardaki açıklamanda bunla çelişen bir durum yok.Hatta bunu açıkça destekliyor.Benim söylediğim mantıksal çıkarımlada çelişen bir tarafı yok ama klasik Darwinici kalıplar içersinde algılamakta ısrar edilirse yani sadece öyle açıklanabileceği ön kabulüyle buşekilde anlaşılmasıda garip değil.

Çok büyük yapısal benzerlikte olmaları önemli çünkü senin de belirttiğin gibi seninle tartıştığımız şey evrimin nasıl olduğu. Seninle evrim oldu mu olmadı mı diye tartışmıyorum. Evrim nasıl ve neden olduğunu tartışıyoruz. Bildiğimiz gibi mutasyonlar kendiliğinden ve rastgele oluşurlar. DHA ve glukozun çok büyük yapısal benzerlik içermeleri, evrimin bilinçli bir ön tasarımından gelen yönlendirmeyle değil, kör bir sürecin eseri olduğu durumda daha fazla beklenen birşeydir. Bu nedenle bu durum önden yüklemeli evrimden daha çok tamamen naturalist evrimi desteklemektedir. Burada önden yüklemeyi, hiçbir aşamasından bilinçli bir müdahelenin olmadığı naturalist bir evrim sürecine göre daha makul kılan bir durum göremiyorum.

Buradaki yorumlaşmalarda kanımca en büyük çıkmaz, ispat odaları olarak kullanılan yorum alanları. Herkes kendi amentüsünü müdafayı kutsal bir bilgelik yada kutsal bir akide olarak bellemiş.İnsan zekası doğuştan tembel;sert,aceleci ve sahte tezatlardan hoşlanıyor.Tanrı-Şeytan,İyi-kötü.Yaratılış-Darwinizm..Galiba kategorize edilmiş düşünce kalıplarının faydası budalalıklarımıza kolaylık sağlamak..

Burada hepimizi yaptığı, karşı tarafı sindirmek için her iki tarafta olanca çarpıtma ve karalamaları kelime çambazlıklarıyla sergilemekten öteye gidememktir..Özetle tarafların birbirinden yorumlaşma manasında temelde bir farkı yok.

HY militanı olarak şuçlananlara karşı pekala sizlerde Darwin militanı olarak şuçlanabilirsiniz.Sonuçta benim için her iki tarafta uçları temsil ediyor.Biri ışığın yokluğundan oluşan bir körlüğe muzdarip, diğeri ışığın yoğunluğundan kamaşan bir körlükle yol alıyor.

En önemli eksiklik ortak bir lügat/lisan eksikliği, bu çok açık şekilde gözlemleniyor.Eğitim sistemimizin omurgasızlığının manifestosuda diyebiliriz. Herkesin aynı kavramlardan kastettiği şeyler farklı yada yüklediği anlamlar kendi görüş ekseninin izin verdiği kadarıyla mümkün oluyor.DNA ve biyotik dil gibi evrensel kodları bile kendimize göre yorumlayabilmemiz çok üzücü.

Temel teşhisim burada yorumlaşmanın herkesin kendi düşünce iklimini ya evrime yada dine ”kendince” SAVUNDURTUYOR olmasıdır. Bunun şüpheyle gerçeğe yaklaşmak konusundan uzaklığı aşikardır.

Fuatogl aramızdaki tartışmaya gelince konunun özünü mutasyon mekanizması oluşturuyor.

Makalede açıkca zararlı bir mutasyonun yarattığı kalıtımsal bir bozukluğun, yüksek taksonomik seviyede primatlar arasındaki homolog bağların işareti olduğu, kabul ediliyor.Bu sebeple ortak ata fikrini kuvvetlendiren ve delillendiren bir merkez düşünce ortaya koymakta.Bunda hemfikirim.Buraya kadar sanırım tartışmamızın herhangi bir uzlaşmaz noktası bulunmuyor.

Şimdi mutasyon nedir? diye sorulduğunda burda birçok defa farklı açılardan cevap verdiğimizi düşünüyorum.Kısaca tekrarlamak gerekirse DNA’da özelleşmiş bilginin RNA tarafından kopyalanırken oluşan kopyalama hatalarına mutasyon diyoruz.

Bu olgu yazıldığı kadar kolay oluşan bir durum da değildir.DNA kendi içinde ve dışında yazma hatalarına karşı oldukça gelişmiş savunma/düzeltme mekanizmalarına sahiptir.Çünkü DNA optimize edilmiş bir koddur.Bu sebeple kopyalama esnasında bile her 1000.000 kopyalamada bir hata yapar düzeltme mekanizmasıyla bu 10 milyar kopyalamada bire düşürülür.

Zararlı mutasyonların optimizasyonu bozduğu gerçeğine karşı kod içeriğindeki özelleşmiş bilgiyi işbu çeşitli mekanizmalarla korunur.Birinci mekanizma kodonların sarmal yapısından kaynaklanan bir doğrulamadır. Birinin farklı nükleotidce sonlansa da, heliksde A ile T , G’lerde C ile eşleşir.Bir kopyalamada yanlış kısım genelde hemen görevli proteinlerce farkedilir ve kopyalama baştan başlar.Bunu atlatan mutasyonlarda ribosome (protein üretim fabrikası) girerken taşınan kod kontrolü sırasında bu yazıları yazarken backspace ile hatalı kısımları fark ettiğimde geri gidip silip düzeltme yapmama benzer bir mekanizmayla düzeltilir.

Burada çıkarımımızın mutasyonların varlığı kaçınılmaz, üretkenlikleri çok sınırlı,(adaptasyondan ötesi kanıtlanamadı) nötrallikleri(etkisizliklerinin) oldukça fazla olduğudur.

Fakat bu sistemlerden kaçan mutasyon evrim için gerekli olan hammadeyi sağlayan en önemli mekanizmalardan biridir.Mutasyonun gözlenebilen bir etki olmadan ortaya çıkması çok az gözlenen bir olgudur. Daha çok çevreden gelen kimyasal ya da fiziksel etkiler nedeniyle olur.Buda uyumu artırıcı olduğunda doğal seçilim tarafından seçilir.Yani o an işlevselse seçilebilir.O an rekabette üstünlük sağlıyorsa…Geleceğe dair oluşacak seçilim baskısı için biriktirilemez,meydana gelen değişimler çıktısı öngörülemez. Doğal seçilim miyoptur.

Vikide şöyle bir ifade kullanılmış;Mutasyonda DNA’nın sentezlediği protein veya enzim bozulur. Böylece canlının, proteinden dolayı yapısı, enzimlerinden dolayı metabolizması değişebilir. Bir gen mutasyona uğradıktan sonra kararlı hale gelir ve tekrar eski haline dönmek için herhangi bir eğilim göstermez.

Bu eğilimi göstermemesi genin katıtımsal olarak aktarımı ile sonuçlanır. Eğer zaralı bir türü ile yani halihazırdaki sistemin kararlılığını bozup, genom içi stabiliteye bir şekilde etki eden bir mutasyondan söz ediyorsak.Bunun aktarımı organizmaya normalde büyük handikaplar yaşatır.Çünkü kopyalama sırasında yada dış çevreden gelen bir ping sayesinde oluşan mutasyon uyumluluğu artırmayıp karasızlığı çoğaltmış ve kararlı hale gelip genom içerisine aktarılmıştır.Yani optimizasyonu bozmuştur.Bunu sistem iki şekilde def edebilir. Ya bu mutasyonun oluşturduğu bozukluk sistemin içersinden ”başka ” bir çözümle etkin bir şekilde giderilir yada oluşan bozukluk temel optimisazyona zarar vermediğinden,oluşturduğu kararsızlık ve zarar genomun dışarıdan sağlayacağı ekstra kaynakla giderilir.(Bu durumda normalden çok daha fazla C vitamini gereksinilmesi/alınması ihtiyacı manasına gelir.)

Şimdi buradaki gözlemimiz mutasyonun açıkca zararlı olduğu ve kararlı bir şekilde aktarıldığıdır.Buda normalde diğer memelilerin gerçekleştirebildiği sentezlemeden, bizim ve bazı diğer yüksek taksonomideki memelilerin mahrum kalmasıyla sonuçlanmıştır. Bir önceki yorumda verdiğim linkte bu zararın nelere yol açtığı ve sistem için olası manasını yeterince verdiğimi düşünüyorum. Peki sistem buna nasıl cevap vermiştir…?

Çözümü kendi içersinden devşirmiştir. Mutasyon gen havuzuna seçilim baskısıyla bir çözüm eklemeyi bırakalım açık bir zarar meydana getirmiştir.Sistemin genel kararlılığını etkileyebilecek önemli bir zarar.Bunun etkilerinden sitem nasıl korunmuştur..? Da Vinci’nin açıklamasıyla anlatalım;

İlk olarak C vitamini sentezleyememe durumu ortaya çıktıktan sonra Glut1′in DHA’yı verimli bir şekilde taşıyabilme özelliği belirgin bir avantaj sağlayacaktır ve popülasyon içinde kısa sürede baskın hale gelecektir.

Böylede olmuştur.Fakat burada dikkat edilmesi gereken şudur. Glut1 DHA’yi daha verimli taşıyabilmesini sağlayan nedir? Kendi asli görevininin dışında başka bir görev için görevlendirilebilecek potansiyelde oluşmuş olmasının izahı nedir?En başından niçin bu gibi bir özellikle meydana gelmiş olabilir?

Cevap homolog yapıların sağladığı tasarımsal iskelettir.Açıklama 1′dede belirttiğim gibi homoloji bizlere tasarımı geçmişten bugüne bağlamaya izin verir. Bu eski tasarımlar oldukça uzun zamandır vardılar ve evrim bunların çevresinde şekillendi. Bir yerlerde açılmak (unpack) için bekleyen özelleşmiş bilgi zamanı ve yeri geldiğinde çevreden gelen değişime cevap veriyor. Etkin bir sistem daha etkin bir sisteme yerini bırakırken önceki versiyona olan benzerliği ile geçmişe , verimliliği ile geleceğe hitap ediyor.

Tetiklenme mevzusunu ping olarak ele alabiliriz.Mutasyonların kendileri ”genelde” çevreden gelen ping ile oluşan kopyalama hatalarıdır. Bu makalede ise mutasyon kendisi genom için bir ping vazifesi görmüştür.Ondan cevap alırken ona zarar vermiş,sistemin kararlılığını etkilemiş ve bozmuş,sistem içine giren bu bozuk kodu karantinaya almış(ilerisi için bir iz delil olarak saklamış) onun bozduğu mekanizma yerine önceki mekanizmaya çok benzeyen ama omekanizmanın dışında bir sistemden gelen benzer bir mekanizmayı kullanarak daha etkin bir çözüme ulaşmıştır.Bu zaralı mutasyon oluşmasaydı ve etkisi bu denli büyük olmasaydı.Glut1 sergilediği bu ek özellik ortaya çıkmayacaktı.Tetikleme mevzunun açıklaması kısaca budur.

Detaya inersek, bir önceki sistem niçin bu zararlı mutasyon sonucu ortaya çıkmak zorunda kalan (tetiklenen) bir şekilde önceki sistemden yüzlerce kat daha etkin bir işlev sergileyebilmektedir.Demek ki, bu kutlu kaza optimize olmuş kodun içersinden, daha optimize bir yapının oluşmasını sağlayacak kadar etkin bir oluşum sergilemiş. Bu oluşumda memeliler arasında nedense daha yüksek taksonomik özelleşme göstermiş primatlar ve bazı memelilerde (meyve yarasası) oluşmuş.Yani vitaminin oynadığı kritik rollerin daha etkin bir şekilde kullanılmasının ilerde daha çok gerekli olacağı muhakkak olan genomlarda bu gerçekleşmiş.

”PREPA eski atalarımızın alışılmadık ya da tuhaf özelliklerinin bugünün içeriğinden bakıldığında daha anlamlı hale gelmesini sağlayan öngörü ipuçlarıdır. PREPA’yı potansiyel olarak somutlaştıran ve sonuç veren genel kavram. Gereksiz Karmaşıklıktır.”

Sanırım burada sergilenende böyle bir karmaşıklıktır. Sistem içersinde zamanı geldiğinde zararlı mutasyonun tetiklemesi üst düzey bir karmaşıklığı ortaya çıkarmıştır. Kırmızı kan hücrelerinde kendi asli görevini sergilerken birden oluşan kararsızlığa cevap olarak eski sistemden çok daha etkin bir yapı meydana getiriyor.Yani aslında ”normalde” stabil durumda gerekli olmayan bir karmşıklığı olduğu ortaya çıkıyor. Bunu homolog yapısına borçlu olduğu aşikar fakat niçin bu denli efektif bir sistem bir zararlı mutasyonca ortaya çıkarılıyor ve nasıl oluyorda sistem böyle bir yedekleme (back-up) ile sistemin kararlılığını sürdürmeyi başarabiliyor.Hemde halihazırda hiçbir değişiklik ortaya koymadan, bozulmuş görevin bir başka yapı tarafından olanca etkinlikle üstlenilmesiyle.

Bu tip bir sitemsel işleyiş ancak bir tasarımın ürünü olabilir.Çünkü tasarımcılar gelecekteki olası tehlike/aksaklık/zarar/felaketlere karşı en başından ne derece büyük önlemler alırlarsa ,tasarımların işleyişi o derece kesintiye uğramaz. Oluşabilecek zararlı etkiler en aza indirgenir yada ortaya çıkmadan def edilir.Burada def edilmekle kalınılmıyor üstüne üstlük daha etkin bir yapı göreve geliyor.

Tasarımcılar ilerisini hesaba katarak iş yapmak zorundadırlar.Daha geniş anlatımla açıklamaya çalışırsam.Bir makalemde şu örneği vermiştim;

Tasarımda en başından yapı içersinde esnek ve geri dönüşümlü malzeme kullanılmıştır. Gerektiğinde yeni eklemeler yapılabilmesi için binanın temeldeki statik direnci en başında ihtiyaç duyulandan çok daha yüksek tutulmuştur.olası Depremlerde buna keza dikkate alınmıştır.

İç yapıda modüler bir tasarıma sahip çok işlevsel mobilyalarla dekore edilmiştir.Böylelikle şans ve raslantısallık belirli sınırlar içersinde üretken olabilir ve yine yapım aşaması için gerekli olan çözümleri ”var olan bilgi yapısından” üretebilir. Diyelim ki gökdelenin camları öyle bir özellik içersin ki bunların ısı tutma kabiliyeti hem içersini sıcaktan korusun hemde bu tutulan ısı yönlendirilerek elektrik enejisine çevrilsin ve binanın soğutulmasında tutun elektirik gerekli her bölgesinde kullanılsın .Böylelikle hem zaman içersinde gerekli olan değişim ve ihtiyaç giderme gerçekleştirilir , hem de stabilite muhafaza edilir. Var olan tasarım fazla değiştirilmeden yeni çözümler elde edilmiş olur.

C vitamini örneği kısaca bir yıkımın ardından sistemin daha etkin çalışmaya başlamasıdır.

İşte burada da 3. maddedeki açıklamamız devreye giriyor;

Evrim belirgin bir şekilde gerçek biyotik (Produced or caused by living organisms) özelliklerce yürütülecekti. Mademki tasarımın kendisi biyotik olacaktı, öyleyse evrimde biyolojik bir sürece benzeyecekti, böylece tasarım bu tip bir evrimle daha çok ilişkilendirilebilecekti. Bir başka deyişle, eğer evrim tamamen çevredeki yıkıcı süreçlerin zeminine karşı daha büyük uyum sağlıyor diye oluşmakta olan rastlantısal olayların bir işlevi olsaydı, geleceği bugünden tasarlama kabiliyetini evrimsel kirlilik tarafından süratle önlenecekti.

Bu sebeplede yaptığım tasarım çıkarımı önden yüklemeli evrimle ilişkilidir.Mantık yürütmem bu şekilde olmuştur ve makalede var olan şemayla uyumludur.İtirazlarınız bu anlattığım yapı üzerinden gerçekleşirse memnun olurum.Umarım belirli bir lugat birliği sağlanır.Fikirlerimizi birbirimize kabul ettirmekten çok olası yanılgılarımızı birbirimize göstermemiz ve ispat etmemiz daha sağlıklı olacaktır.

Son tartismamizda yazdigin yoruma bir cevabim olacak ama gec oldu simdi, bir dahaki yorumumda devam ederim.

Ama ondan once sormak istedigim bir soru var (aslinda siz beni konu saptirmakla suclarken, yaklasik 7-8 yorum once sormustum ayni soruyu – son iki yorumunuzda acikca o noktaya degindiginiz icin aklimda halen).

Bu mutasyonun işte birden sistemin içersinden kendi bozduğu sistemden çoook daha efektif bir mekanizmanın ortaya çıkmasını tetiklemesi ve sistemin çözümü kendi içersinden üretebilmesi bana bu çıkarımı yaptırıyor.

Tasarim cikariminin kokenine yada yol acan mantiksal “rule” meselesine girmeyecegim simdi. Fakat bu tetikleme dediginiz seyi aciklayabilirmisiniz? Ne sekilde, hangi mekanizma, hangi etki ile bir tetikleme sæz konusu? Tetikleme tam olarak nasil gerceklesiyor yani?